Lúc bấy giờ, hạm đội quân Liên minh Hy Lạp khởi hành từ Artemisium đến Salamis để trợ giúp cho cuộc di tản cuối cùng của người Athena. Trên đường đi, Themistocles gửi bức thư bằng chữ khắc đến các đội thuyền Ionia người Hy Lạp trong hạm đội Ba Tư trên tất cả các điểm buộc dây thuyền dưới nước mà họ có thể dừng lại, yêu cầu họ đào ngũ về phe Đồng Minh. Sau khi vượt qua đèo Thermopylae, quân đội Ba Tư đốt phá các thành phố đã không đầu hàng như Boeotia, Plataea và Thespiae; trước khi tiến binh về Athena, thành phố vồn bị bỏ hoang sau khi quân dân trong thành đã được di tản hết.[25] Quân Liên minh (chủ yếu là người Peloponnesus) chuẩn bị sẵn sàng để bảo vệ eo đất Corinth, họ đã phá huỷ con đường duy nhất dẫn tới đó và xây dựng một bức tường chắn ngang.[26]

Chiến lược này còn nhiều thiếu sót và chỉ hữu hiệu khi hạm đội Liên minh có thể ngăn chặn người Ba Tư vận chuyển quân bằng đường thuỷ qua Vịnh Saronikos. Trong một cuộc họp của hội đồng chiến tranh sau khi di tản của Athens đã hoàn tất, chỉ huy hải quân Adeimantus của Corinth lập luận rằng hạm đội nên tập hợp ngoài khơi bờ biển eo Isthmus để có thể phong tỏa không cho người Ba Tư chuyển quân.[27] Tuy nhiên, Themistocles lại không đồng ý như vậy, ông ta lập luận rằng mục tiêu chiến lược là công kích, phá hủy một cách hoàn toàn ưu thế của hải quân Ba Tư. Ông đã rút ra bài học từ Artemisium và chỉ ra rằng trận chiến "trận đánh trong khoảng chật hẹp như vậy sẽ tạo lợi thế cho chúng ta". Ý kiến của ông cuối cùng đã được thông qua và hải quân Đồng minh ở lại ngoài khơi bờ biển Salamis.[28]

Rất khó khăn để lập lại một cách chắc chắn cho chuỗi thời gian xảy ra trận Salamis.[29] Herodotus cho rằng trận chiến có thể xảy ra sau khi quân Ba Tư chiếm giữ Athena nhưng không một công bố nào đảm bảo điều đó là hoàn toàn chính xác. Nếu trận đèo Thermopylae/Artemisium xảy ra trong tháng 9 thì sau đó trận đánh hoàn toàn có thể xảy ra, nhưng cũng có nhiều khả năng người Ba Tư đã mất hai hoặc ba tuần để chiếm Athena, sửa chữa hạm đội và lấy thêm đồ tiếp tế.[29] Tuy nhiên, điều chắc chắn là sau khi chiếm được Athena, Xerxes đã tổ chức một hội đồng chiến tranh của Ba Tư; Herodotus nói rằng sự kiện này đã xảy ra tại Phalerum.[30] Artemisia, nữ hoàng của Halicarnassus và là chỉ huy của hải đội của mình trong hạm đội của Xerxes, đã cố gắng thuyết phục ông ta rằng, hãy đợi cho đến khi quân Đồng Minh kiệt sức và đầu hàng, bà ta tin rằng cuộc chiến ở Eo biển Salamis là một rủi ro không cần thiết.[30] Tuy nhiên, Mardonius, người đứng đầu những cố vấn của Xerxes lại hối thúc ông ta tấn công.[31]

Cũng rất khó để giải thích một cách chính xác những gì đã xảy ra về trận đánh, giả định rằng không chỉ đơn giản là một bên bị tấn công mà không có kế hoạch phòng bị gì cả.[29] Tuy nhiên, tại thời điểm trước trận đánh, có một số thông tin mới về rạn nứt trong nội bộ Đồng minh đã đến tai Xerxes; những người Hy Lạp đến từ Peloponnesus muốn di tản khỏi Salamis trong khi họ vẫn còn cơ hội.[32] Chính điều này bị cáo buộc rạn nứt giữa Đồng Minh, nhưng có thể đây cũng chỉ là mưu kế để khiêu khích người Ba Tư tấn công.[33] Ngoài ra, sự thay đổi trong thái độ của Đồng Minh (đã kiên nhẫn chờ ngoài khơi bờ biển Salamis ít nhất một tuần trong khi Athena đã bị chiếm) có thể đã gây cho người Ba Tư sự ức chế.[29] Có thể một đội quân Ba Tư đã được gửi đến tấn công Isthmus để thử phản ứng của hạm đội Đồng minh[29][33]

Dù thế nào thì khi Xerxes nhận được tin tức này, ông cũng đã ra lệnh hạm đội của mình tiến về phía ngoài khơi bờ biển Salamis, chặn lối rút phía Nam của phe Đồng minh.[33] Sau đó lúc chạng vạng ông ta ra lệnh cho quân của mình rút lui, có thể để đây là một mưu kế để nhử cho Đồng Minh vào một cuộc di tản khinh suất.[33] Buổi tối hôm đó Themistocles đã gửi một viên chức Sicinnus đến chỗ Xerxes với một thông điệp tuyên bố rằng Themistocles sẽ "đứng về phía nhà vua khi ngài đang thắng thế, chứ không phải là đứng về phía người Hy Lạp".[34] Themistocles nói rằng, trong nội bộ phe Đồng Minh đang có xung đột, và những người Peloponnesus đã có kế hoạch di tản trong đêm đó và rằng để giành chiến thắng thì tất cả người Ba Tư cần phải làm là chặn được eo biển này.[34] Trong hoạt động tung hoả mù này, Themistocles dường như đã cố gắng cung cấp những thông tin có thật cho đối phương, để nhử hạm đội Ba Tư tiến vào eo biển.[33] Đây là chính xác những gì Xerxes muốn có, đó là Athena sẵn sàng đầu hàng ông ta và rằng ông ta sẽ để dàng phá hủy phần còn lại của hạm đội Đồng Minh.[33] Xerxes một cách chắc chắn là đã mắc câu, và hạm đội Ba Tư đã được gửi ra trong buổi tối hôm đó để khoá chặt đường rút về phía Nam của người Hy Lạp.[35] Xerxes ra lệnh cho binh lính đặt một chiếc ngai vàng trên sườn núi Aigaleos (nhìn ra eo biển) để xem trận từ một điểm rõ ràng, thuận lợi và để ghi tên các chỉ huy, đặc biệt là những người chiến đấu tốt.[36]

Theo Herodotus, phe Đồng Minh đã dành cả buổi tối để tranh cái về những hành động kế tiếp của họ.[37] Các Đồng minh đến từ Peloponnesus đã ủng hộ việc di tản,[38] đã có thông tin là vào thời điểm này Themistocles cố mưu mẹo Xerxes.[34] Chỉ khi Aristides, vị tướng đang phải lĩnh án đi đày của Athena, đến trong đêm đó, tiếp theo là một số người bỏ trốn từ phía Ba Tư đưa đến tin tức về sự triển khai của hạm đội Ba Tư để chặn đường rút thì các Đồng minh đến từ Peloponnesus mới chấp nhận là họ không thể thoát ra được nữa và do đó họ phải chiến đấu.[39][40] Tuy nhiên, cũng có giả thiết hợp lý rằng những xích mích mà nhóm Peloponnesus tạo ra cũng chỉ là mưu kế do Themistocles dàn dựng lên mà thôi.[41]

Hải quân Đồng minh đã có nhiều nỗ lực để chuẩn bị cho trận đánh trong ngày sắp tới, trong khi người Ba Tư đã dành đêm vô ích trên biển để tìm kiếm dân Hy Lạp rút chạy.[42] Sáng hôm sau người Ba Tư đi thuyền vào eo biển để tấn công hạm đội Hy Lạp. Không phải rõ ràng là khi nào, tại sao hoặc làm thế nào để người Batư ra quyết định này, nhưng rõ ràng là trong thực tế đã có xảy ra trận đánh của người Ba Tư với phe Đồng Minh.[36]